少年時代は剣道や馬術などの武道に打ち込み、軍人か大政治家を志したが細菌学者となった。 日本初の伝染病研究所を開設するに至るきっかけとなったのは、オランダの医師マンスフェルトの 「医学も男子一生の仕事なり得る」という言葉だった。　
　明治八年、二十四歳で東京医学校に入学。明治十六年に卒業し、内務省衛生局に勤務した。 明治十八年にはドイツに留学し、細菌学者コッホの門下で細菌学に取り組み、破傷風菌の純粋培養に成功、 さらに血清療法を発見したことで世界に名を知られる。
　留学期間が終わり、帰国した彼が決意したことは、日本にも伝染病研究所をつくることだった。 数々の尽力が実を結び、明治二十五年には「大日本私立衛生会伝染病研究所」が設立され、 ドイツのコッホ研究所、フランスのパスツール研究所と並んで、世界三大研究所といわれるまでに成長した。 ペスト菌発見や、北里研究所の設立など、伝染病研究に終生を尽くした柴三郎は、“日本のコッホ”と称されたのである。
　墓は偉人にふさわしく、聳える巨石で、あたりに君臨しているかにみえる。